H σωστή ταξινόμηση του προς πώληση εκκοκκισμένου βάμβακος είναι από τα βασικότερα ζητούμενα για τον αγοραστή.

Τα Θρακικά Εκκοκκιστήρια ανέπτυξαν εδώ και χρόνια ένα δικό τους σύστημα ταξινόμησης, το οποίο βελτιώνουν συστηματικά. 

Τη δεκαετία του '90 η εταιρεία υπήρξε το πρώτο εκκοκκιστήριο σε παγκόσμιο επίπεδο που εγκατέστησε ένα πλήρες εργαστήριο ποιοτικού ελέγχου HVI, το οποίο έκτοτε λειτουργεί συνεχώς. Το 100% των δεμάτων του εκκοκκιστηρίου περνούν από έλεγχο στο εργαστήριο αυτό.

Μετά τον έλεγχο των δεμάτων στο εργαστήριο, αυτά ταξινομούνται σε κατηγορίες με βάση τα ποιοτικά τους χαρακτηριστικά και τοποθετούνται στις αποθήκες κατά συγκεκριμένες ομάδες. Τα συμβόλαια με τους αγοραστές καθώς και οι μετέπειτα φορτώσεις γίνονται σύμφωνα με τις ομάδες αυτές. 

Το εργαστήριο βρίσκεται στη διαδικασία πιστοποίησης από το ICA Bremen, το οποίο σε συνεργασία με το USDA είναι το μόνο που παρέχει τέτοιες πιστοποιήσεις. Παγκόσμια μόνο 11 εργαστήρια είναι πιστοποιημένα.

Από τον Σεπτέμβριο του 2019, στο εργαστήριο ποιοτικού ελέγχου της εταιρείας λειτουργούν δύο όργανα μέτρησης (Uster HVI900SA και Uster HVI1000-M1000), ενώ δημιουργήθηκε και ξεχωριστός χώρος, κατάλληλος για οπτική ταξινόμηση του βάμβακος.