Η ποιότητα και η αξιοπιστία είναι η βάση πάνω στην οποία τα Θρακικά Εκκοκκιστήρια θεμελίωσαν τη στρατηγική τους από το 1972 ως και σήμερα, δημιουργώντας μία καλή φήμη στη διεθνή αγορά. 

Η ποιότητα του εκκοκκισμένου βάμβακος εξαρτάται κυρίως από την ποιότητα του συσπόρου βάμβακος και τον τρόπο εκκόκκισης.

Για να παραλαμβάνει η εταιρεία όσο το δυνατόν ποιοτικότερο σύσπορο βαμβάκι, οργανώνει τα τελευταία χρόνια μαζί με τους παραγωγούς-συνεργάτες της το πρόγραμμα Cotton+. Στο πρόγραμμα αυτό εντάσσονται μόνο οι ποικιλίες με πολύ καλά τεχνολογικά χαρακτηριστικά (όπως το μήκος ίνας, η αντοχή, το micronaire κλπ), που παρακολουθούνται στο χωράφι από τη σπορά μέχρι και τη συλλογή. Παραλαμβάνονται με χαμηλή υγρασία και εκκοκκίζονται και αποθηκεύονται ξεχωριστά, πετυχαίνοντας έτσι ένα σύσπορο βαμβάκι με πολύ ανώτερα ποιοτικά χαρακτηριστικά από το συμβατικό. Ταυτόχρονα υπάρχει πλήρης ιχνηλασιμότητα της παραγωγής.

Η προσεκτική εκκόκκιση θεωρείται από τα πιο δυνατά σημεία της εταιρείας και δίνεται ιδιαίτερη βαρύτητα σε αυτήν, ακόμη και αν αυτό είναι εις βάρος της υψηλότερης παραγωγικότητας. Ακόμη, αναγνωρίζοντας ότι η επιμόλυνση του βαμβακιού με ξένες ύλες είναι από τα πιο σοβαρά προβλήματα για τους επόμενους κρίκους της αλυσίδας της κλωστοϋφαντουργίας, τα Θρακικά Εκκοκκιστήρια έχουν μια μακρά παράδοση λήψης μέτρων για την αποφυγή της.